Очевидният отговор е:опитайте.
Почти очевидният отговор е:правенето на заявки често е по-бързо от итерацията през масиви в php. Една заявка е много по-бърза от няколко заявки поради по-малко допълнителни разходи.
Ето откъде бих започнал:
SELECT * FROM table WHERE something IS IN ('a1', 'a2', ..., 'a1000')
