Отговорът ми е закъснял, но може да помогне на бъдещите читатели.
и аз имах същия проблем. Когато четете документацията на MySQL за опциите на MySQL команди , открих, че можете да използвате --init-command параметър.
Така че вашият команден ред ще бъде прост:(-v за многословен текст и е по избор)
mysql --init-command="SET autocommit=0;" -v < sql_file.sql
