Синтаксисът на Mysql изглежда правилен

key е ключова дума за MySQL. Тъй като това е и името на вашето поле, оградете го със съответните символи:

SELECT * FROM `email_confirm` WHERE `email` = '[email protected]' AND `key` = '48f9f4a3f5e10c63804400f320f46e26';