Това може да не е точно по темата (тъй като използвам хранилища на SpringData), но когато търсех отговора на проблема си, се озовах тук, така че това може да помогне на следващия човек.
следното и моето поле за версия не се връщаше актуализирано.
savedJpa = repository.save(updateJpa);
В крайна сметка моето решение беше
savedJpa = repository.saveAndFlush(updateJpa);