Мислили ли сте да използвате клаузата "IN" в MySQL?https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/comparison-operators.html#function_in
Вероятно ще имате нещо като:
$query = "SELECT * FROM ".$wpdb->usermeta." WHERE meta_key='company' AND meta_value IN ('".implode("', ', $brand)."')";
(редактиране: забравих да добави скоби около съдържанието "в")