Кой първичен ключ използвахте?
InnoDB използва клъстериран индекс, така че всички данни са в същия ред като индексите на първичния ключ.
ако не използвате първичен ключ тип автоматично увеличение, тогава той прави големи операции с диск за всяко вмъкване. той избутва всички други данни и вмъква нов елемент.
за по-дълга справка, опитайте да проверите http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html
