mysql :цикъл над таблици и промяна на таблицата, добавяне на индекс

Забравете за цикъла. Просто направете това:

select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a 
where a.table_name like 'table_prefix_%';

След това вземете набора от резултати и го стартирайте като SQL скрипт.

Между другото, вероятно имате предвид create index index_name on table_name( column_name);