Мисля, че тук трябва условие "и къде". Или къде означава съвпадение на едно или друго или и двете правила. „И къде“ ще работи само ако и двете правила съвпадат.
Затова предлагам да опитате това:
$users = User::with('skills')
->with('skills')
->with('positions');
if($skills)
{
$users->whereHas('skills', function($thisquery) use ($skills)
{
$thisquery->whereIn('name', $skills);
});
}
if($positions)
{
$users->whereHas('positions', function($thisquery) use ($positions)
{
$thisquery->whereIn('name', $positions);
});
}
$users = $users->get();