най-добрият начин е да използвате произволно генерирани UUID:
import uuid
id = uuid.uuid4()
uuid типовете данни са достъпни изначално в някои бази данни като Postgresql (SQLAlchemy има собствен тип данни PG uuid за тази цел - в 0.5 той се нарича sqlalchemy.databases.postgres.PGUuid
). Също така трябва да можете да съхранявате uuid във всяко 16 байтово поле CHAR (въпреки че не съм пробвал това специално на MySQL или други).