Въпреки че не съм привърженик на запазването на данни по този начин, но ето какво можете да направите, ако наистина искате да го направите по този начин. Предлагам ви да имате денормализирана таблица и да съхранявате вашите стойности там
във вашия HTML можете да имате своите квадратчета за отметка като това (като се има предвид, че съхранявате някакви идентификационни номера)
<input type="checkbox" name="ids[]" value"1" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"24" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"56" />
<input type="checkbox" name="ids[]" value"100" />
От вашата php страна можете да използвате функция implode, за да оформите идентификатори в низ, както е показано по-долу (като се има предвид, че правите POST)
$ids = implode(",",$_POST["ids"]);
Където четете от базата данни, можете да трансформирате стойността от db в масив като този
$ids_array = explode(",",$row->ids);
Надявам се това да помогне