Попитахте това преди много време и може би това вече не е от значение за вас, но ще включа тук начин да го направите, за да е от полза за другите.
В Workbench отворете вашите свойства на връзката. В раздела Connection изберете раздела Advanced. Там добавете следните две опции към секцията Others (очевидно променете местоположението readDefaultFile на местоположението на вашия my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=client
Сега отварянето на връзки трябва да прочете клиентската секция от този my.ini според изискванията.
