За да зададете началната стойност за поле за автоматично увеличение, можете да използвате alter table
ALTER TABLE wp_postmeta AUTO_INCREMENT = 1000;
Доколкото знам, не е възможно да имате две автоматично увеличаващи се полета в една и съща таблица в mysql, така че трябва да го направите сами прогаматично (напр. с тригер)