Ако искате да приложите клаузата WHERE към резултата от UNION, тогава трябва да вградите UNION в клаузата FROM:
SELECT *
FROM (SELECT * FROM TableA
UNION
SELECT * FROM TableB
) AS U
WHERE U.Col1 = ...
Предполагам, че TableA и TableB са съвместими с съюз. Можете също да приложите клауза WHERE към всеки от отделните оператори SELECT в UNION, разбира се.