Не съм напълно сигурен, но помислете за преместване на условието от WHERE условие за JOIN ON условие, тъй като извършвате външно присъединяване (LEFT JOIN ) има разлика в производителността за разлика от inner join където условието е на where или join on клаузата е еквивалентна.
SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');