Проверете дали съществува стойност в mysql

Както казаха други, наистина трябва да използвате PDO. Но за да отговоря на въпроса ви, mysql_num_rows е вашето решение.

$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());

if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database