Грешка:SQLSTATE[HY000] [2002] Няма такъв файл или директория

Най-накрая реших проблема, благодаря на @Dlk за помощта.

Причината за проблема е, че в database.php , имах предвид хоста за mysql като localhost вместо името на услугата MYSQL в docker-compose.yml файл. Оттук и database.php файлът трябва да изглежда така:

<?php

$host = 'nairobi_mysql'; // Must be the service name of the database in `docker-compose.yml`
$db_name = 'nairobi';
$user = 'admin';
$pass = '123456';
$charset = 'utf8mb4'; // Always set charset for database
$port = '3306'; 

$dsn = "mysql:host=$host;dbname=$db_name;port=$port;charset=$charset";
$options = [
    PDO::ATTR_ERRMODE            => PDO::ERRMODE_EXCEPTION,
    PDO::ATTR_DEFAULT_FETCH_MODE => PDO::FETCH_ASSOC,
    PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES   => false,
];
try {
     $pdo = new PDO($dsn, $user, $pass, $options);
} catch (\PDOException $e) {
     throw new \PDOException($e->getMessage(), (int)$e->getCode());
}

?>

което корелира с моя docker-compose.yml файл

version: '3.7'

services:
  php:
    container_name: nairobi_php
    build:
      context: ./
    volumes:
      - './src:/var/www/html'
    depends_on:
      - mysql
    ports:
      - 80:80

  mysql:
    container_name: nairobi_mysql
    image: mysql:8.0
    environment:
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: CUeHpADRmZCtnTFGctxp
      MYSQL_DATABASE: nairobi
      MYSQL_USER: admin
      MYSQL_PASSWORD: 123456
    restart: always
    command: --default-authentication-plugin=mysql_native_password
    ports:
      - 3306:3306

  adminer:
    image: adminer
    restart: always
    ports:
      - 8080:8080