Когато създавате MySQL таблица, можете да посочите data directory и index directory .Разгледайте https://dev.mysql. com/doc/refman/5.1/en/create-table.html
Така че, за да отговорите на въпроса си, можете да създадете нова таблица в различна директория и да мигрирате данните си там.