Редактирайте вашия /etc/mysql/my.cnf файл и се уверете, че заделяте достатъчно памет за буферния пул на InnoDB. Ако това е специален сървър, вероятно бихте могли да използвате до 80% от системната памет.
# Provide a buffer pool for InnoDB - up to 80% of memory for a dedicated database server
innodb_buffer_pool_size=614M
Първичните ключове са B дървета, така че вмъкванията винаги ще отнемат O(logN) време и след като изчерпите кеша, те ще започнат да се разменят като луди. Когато това се случи, вероятно ще искате да разделите данните, за да поддържате скоростта на вмъкването. Вижте http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/bg/partitioning.html за повече информация относно разделянето.
Успех!