вмъкване, ако не съществува друго просто изберете в mysql

Ще пробвам, но имайте предвид, че идвам от Microsoft SQL фон и не съм запознат с точната структура на вашите таблици, така че някои от SQL вероятно са малко въжета.

IF (SELECT COUNT(*) FROM beta WHERE name = 'John' > 0)
  UPDATE alfa SET c1=(SELECT id FROM beta WHERE name = 'John')
ELSE
BEGIN
  INSERT INTO beta (name) VALUES ('John')
  INSERT INTO alfa (c1) VALUES (LAST_INSERT_ID())
END

Надявам се това да е от полза.