В моя случай тази грешка се появи специално спразна геометрични стойности в колона за геометрия, която не е нула.
В моя случай празните геометрии бяха легитимни случаи на неизвестна геометрия, така че реших това, като промених колоната, за да позволи нулеви стойности, и след това изпълних UPDATE ... SET geom =NULL WHERE IsEmpty(geom);
След това успях да стартирам отново mysqldump
и успешно импортирайте получения sql в отделна база данни.
(Честно казано, не съм сигурен как първоначално са попаднали стойностите на празната геометрия - дори не знам синтаксиса за създаване на празна геометрична стойност)