Следната команда работи за мен на Windows:
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin>mysql_upgrade.exe -u root -p --force
Ако root паролата не е зададена, може да се наложи да направите това, преди да изпълните командата по-горе:
mysql> ЗАДАЙТЕ ПАРОЛА ЗА 'root'@'localhost' =ПАРОЛА('нещо');