създадох масиви в PHP 5.6 с [] в PHP 7.1 дават фатална грешка

От PHP 7.1, когато имате достъп до променлива извън масива (в този случай низ) като масив, ще бъде изведена фатална грешка.

Първо инициализирайте масива с $datos = []; . Това ще презапише всичко, което сте задали по-рано, и изрично ще зададе тази променлива като масив:

$result->execute();
$result->bind_result($id, $name);
$datos = [];
while($result->fetch()){
    $datos[]=array(
        $id => $name
    );
}

Ако се опитвате да създадете масив от $id => $name , следният код трябва да работи:

$result->execute();
$result->bind_result($id, $name);
$datos = [];
while($result->fetch()){
    $datos[ $id ] = $name;
}