Можете да използвате
set profiling=1
и след това, по-късно,
show profiles
което ще даде списък с команди и времена.
Вижте http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.0/en/show-profiles.html
h/t http://ronaldbradford.com/blog /time-your-sql-queries-2010-07-07/