Вие сте в голяма беда...
По подразбиране ibdata1 съдържа всички данни на таблицата (и следователно се губи). Дори ако го конфигурирате да използва отделен файл за таблица, всички вътрешни данни на MySQL се съхраняват в този файл и доколкото знам, няма начин да го възстановите.
Наистина се надявам да имате резервно копие....