AFAIK, няма естествен начин за избягване на MySQL regex. Можете да го направите на PHP с preg_quote (http://www.php.net/manual/en/function.preg-quote.php), който вероятно ще свърши работата вместо вас, но очевидно не е предназначен за целта.
Предпочитаният ми начин, ако бях във вашата ситуация, би бил да създам бял списък с регулярни изрази в PHP, който след това можете да приложите към вашия опасен низ:
$safeString = preg_replace('/[^\w]/','',$dangerousString);
Това премахва всички несловови знаци (т.е. всичко освен A-Za-z0-9_) от вашия низ.
NB Вярвам, че другите дадени отговори няма да премахнат/избягат специалните знаци за регулярни изрази, което според мен е ваше изискване.