Има ли различен начин за изпълнение на тази програма без използване на вложен цикъл while?

Тъй като всички данни, използвани в INSERT изявлението идва от вашите оператори 'SELECT', няма смисъл да правите допълнително двупосочно пътуване между вашето java приложение и базата данни. Изпълнението на всичко в един SQL оператор ще ви осигури най-добра производителност.

Вашият SQL израз трябва да бъде такъв

INSERT INTO snomedinfo_data (refid,id,effectivetime,active,moduleid,conceptid,languagecode,typeid,term,caseSignificanceid)
SELECT d.refid, d.id, d.effectivetime, d.active, d.moduleid, d.conceptid, d.languagecode, d.typeid, d.term, d.caseSignificanceid
FROM snomed_descriptiondata d
JOIN snomed_conceptdata c ON c.id = d.conceptid AND c.active = 1 AND d.active = 1

И вашият Java код може да се сведе до това

try {
    oRoot = Root.createDbConnection(null);
    String sql = "INSERT INTO snomedinfo_data...";
    oPrStmt = oRoot.con.prepareStatement(sql);
    oPrStmt.executeUpdate();
}