В крайна сметка приетият отговор по-горе е правилен.
Помощта от @RandomSeed ме накара да мисля в правилната посока. По принцип плановете за оптимизация, създадени в 5.6, са значително различни от тези в 5.5, така че вероятно ще трябва да преработите заявката си, подобно на мен.
В крайна сметка не използвах FORCE INDEX , но вместо това премахнах части от заявката, докато не определих какво причинява 5.6 да пропусне индекса. След това преработих логиката на приложението, за да се справя с това.
