Сблъсках се с подобен проблем и моят проблем беше, че MySQL се инсталира сам, конфигуриран да работи на порт, който не е по подразбиране. Не знам причината за това, но за да разберете на кой порт MySQL работи, изпълнете следното в MySql клиента:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';