Добавете индекс към вашите tags
колона:
ALTER TABLE `tagname`
ADD INDEX `tags_index` (`tags` ASC) ;
РЕДАКТИРАНЕ:
Опитайте да създадете втори индекс
CREATE INDEX tags_pid_index ON tagname (tags, pid);
След това променете заявката си на:
SELECT tags, COUNT(pid) as Num
FROM tagname
GROUP BY tags
ORDER BY Num DESC