Можете да направите компонента SSH тунел напълно независимо и след това да насочите node-mysql (или всеки друг sql клиент...) към вашата DB, като използвате TCP тунелиран през SSH.
Просто настройте своя SSH тунел по този начин
ssh -N -p 22 [email protected] -L 33306:localhost:3306
Оставете това на заден план (вижте статии като тази за по-подробна информация).
След това просто изпратете всеки MySQL клиент на порт 33306 на localhost. Той всъщност ще се свърже, сякаш сте на вашия отдалечен сървър и използвате порт 3306.