1. Защото mysql е проектиран по този начин. Той интерпретира кода и го трансформира в канонична форма, за да го стартира при всяка настройка на sql режим и в този процес всички отстъпки се губят. Дори не бих очаквал rdbms да съхранява командата по добре форматиран начин. Това не е целта му.
2. Съхранявайте кода с приятен отстъп на изгледите, съхранените процедури, таблиците и т.н. във вашата система за контрол на версиите, където им е мястото.