Имах точно същия проблем. Изпълнение на kill командата ще убие процеса, но в моя случай ще продължи да изскача отново под различен идентификатор на процес.
Единственият начин да разбера как да го спра завинаги беше този:
sudo stop mysql
Надявам се това да помогне.
Източник:http://www.itfromscratch.com/ how-to-stop-the-percona-mysql-server/
