Определено бих избрал ORM, поне ако работите върху голям проект, за който не искате да използвате mysqli_* или PDO функции/методи директно -- Doctrine
е най-разработеният/използваният в днешно време (Това е ORM по подразбиране на symfony Framework и може да бъде интегриран в Zend Framework доста лесно) .
Относно E_DEPRECATED грешки обаче:PHP 5.3 е доста млад и много библиотеки/софтуер/проекти все още не са адаптирани – вероятно ще имате много от тях през следващите няколко месеца :-(
