Проблемът ми беше разрешен, когато добавих spring.datasource.separator=^;
в application.properties
и всеки ред отстрани на процедурата/тригера трябва да бъде прекратен с ^;
Пример, както следва:
DROP TRIGGER IF EXISTS Persons_log_update ^;
CREATE TRIGGER Persons_log_update
BEFORE UPDATE ON Persons
FOR EACH ROW
BEGIN
INSERT INTO Personshistory(PersonID,LastName,FirstName,Address,City)
values(OLD.PersonID,OLD.LastName,OLD.FirstName,OLD.Address,OLD.City);
END ^;