Mysql:изтриване на редове в две таблици с външни ключове

Моля, опитайте това, надявам се, че ще помогне.

DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
      AND departure_time.id = departure.id

Или

DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
      AND departure_time.departure_id = departure.id

Или можете да използвате ON DELETE CASCADE това ще свърши работа автоматично за вас.