Как да актуализирам набора идентификатор от 1?

Разбира се, има начин:

set @counter = 0;
update table_name
set id  = (@counter := @counter + 1);

РЕДАКТИРАНЕ

За да избегнете проблем с дублиращи се ключове, можете да изпълните нещо подобно, преди временно да промените текущите идентификатори на отрицателни еквиваленти:

update table_name
set id  = 0 - id;