Първо направете резервно копие на вашата /var/lib/mysql/ директория, само за да сте в безопасност.
sudo mkdir /home/<your username>/mysql/
cd /var/lib/mysql/
sudo cp * /home/<your username>/mysql/ -R
След това изчистете MySQL (това ще премахне php5-mysql и phpmyadmin, както и редица други библиотеки, така че бъдете готови да инсталирате отново някои елементи след това.
sudo apt-get purge mysql-server-5.1 mysql-common
Премахнете папката /etc/mysql/ и нейното съдържание
sudo rm /etc/mysql/ -R
След това проверете дали старите ви файлове на базата данни са все още в /var/lib/mysql/, ако не са, след това ги копирайте обратно в папката, след което chown root:root
(стартирайте ги само ако файловете вече не са там)
sudo mkdir /var/lib/mysql/
sudo chown root:root /var/lib/mysql/ -R
cd ~/mysql/
sudo cp * /var/lib/mysql/ -R
След това инсталирайте mysql сървър
sudo apt-get install mysql-server
Накрая инсталирайте отново всички липсващи пакети като phpmyadmin и php5-mysql.