Реших този проблем. Причината, поради която възниква тази грешка, са ограниченията за сигурност на tomcat.
Трябва да добавите следния ред към вашия $TOMCAT-CONFIG/policy.d/04webapps.policy
permission java.net.SocketPermission "127.0.0.1:3306", "connect";
При мен работи, надявам се да работи и при вас :)