Можете да разгледате ЗАРЕЖДАНЕ НА ДАННИ INFILE в MySQL.
Може да успеете да правите манипулациите, след като данните се заредят в MySQL, вместо първо да ги прочетете в PHP. Първо съхранете необработените данни във временна таблица, като използвате LOAD DATA INFILE, след това трансформирайте данните в целевата таблица, като използвате израз като следния:
INSERT INTO targettable (x, y, z)
SELECT foo(x), bar(y), z
FROM temptable
