при инициализиране на PDO - трябва ли да направя:charset=UTF8 или charset=UTF8MB4?

Трябва да използвате utf8mb4 за PDO и вашите структури на база данни.

$dsn='mysql:host=example.com;dbname=testdb;port=3306;charset=utf8mb4';

Когато е възможно, не забравяйте да зададете и кодирането на знаците на вашите страници. PHP пример:

mb_internal_encoding('UTF-8');
mb_http_output('UTF-8');