Обичайната практика е да се включва скрипт за инсталиране, който създава необходимите таблици, така че решение №2 би било правилният начин.
[редактиране] Този скрипт може просто да възпроизведе дъмпа.;)
Може също да се интересувате от миграции:Как да автоматизирам миграцията (схема и данни) за PHP/MySQL приложение