Проблемът ви с производителността най-вероятно е причинен от свързването с таблицата 'term_taxonomy'.
Изглежда, че всички други обединения използват първичния ключ (където вероятно имате работещи индекси).
Така че моето предложение е да добавите сложен индекс към term_taxonomy_id и term_id (или ако трябва:таксономия ). Като това:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Надявам се това да ви помогне.