Как да предам списък с идентификатори на съхранената процедура на MySQL?

Трябва да можете да използвате на MySQL FIND_IN_SET() за да използвате списъка с идентификатори:

CREATE PROCEDURE `get_users_per_app` (id_list TEXT)
BEGIN
    SELECT
        app_id, GROUP_CONCAT(user_id)
    FROM
        app_users
    WHERE
        FIND_IN_SET(app_id, id_list) > 0
    GROUP BY app_id;
    ...