Опитайте да напишете с малки букви думата „стойности“ във вашата заявка – това изглежда е грешка/регресия в MySQL-python 1.2.3.
Реализацията на executemany() от MySQL-python съпоставя клаузата VALUES с регулярен израз и след това просто клонира списъка със стойности за всеки ред данни, така че в крайна сметка изпълнявате точно същата заявка като при първия ви подход.
За съжаление регулярният израз загуби своя флаг, нечувствителен към главни и малки букви в тази версия (впоследствие фиксиран в багажника r622 но никога не се пренася обратно в клон 1.2), така че се влошава до итериране на данните и задействане на заявка на ред.