Намерих решение на този проблем в форум на aptana .
Там пише, че клиентската библиотека на MySQL 5.1 не работи добре с Rails 2.2 Решението, което предлагат е просто:изтеглете по-стара клиентска библиотека на MySQL (libmySQL.dll ) и го копирайте във вашата папка Ruby\bin.
Това работи за мен (Windows XP, Ruby 1.8.6, Rails 2.3.3, mysql 5.1.33)