След някои опити и грешки стигнах до следната заявка, която прави това, от което се нуждая. По принцип отделям числа от края на низа и след това премахвам толкова много знаци, преди да отделя следващото число. Колоната version1 е ограничена до положителни 2-цифрени числа, но това е ограничение, с което мога да живея в моя случай.
SELECT
IF(CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL) > 0,
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL),
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),1) AS DECIMAL)) AS version1,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -2)) - 1), '.', -1) as version2,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1)) - 1), '.', -1) as version3,
SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1) as version4
FROM Version
HAVING version1 >= 5
;