Няма нужда от „преизграждане“ на индекс. Те винаги се поддържат актуални. Може би имаше предвид възстановяването на масата. В зависимост от вашите модели на използване и схема, можете да получите фрагментирани страници в InnoDB, а според мен също и в MyISAM. Възстановяването на таблицата може да подобри производителността, като се отървете от фрагментацията на вашите данни на диска. Не използвам MyISAM таблици редовно, но смятам, че е препоръчително да стартирате 'OPTIMIZE TABLE' с определени модели на използване. Вижте MySQL документите на OPTIMIZE TABLE за добра информация както за MyISAM, така и за InnoDB.
Не съм толкова запознат с тънкостите на MyISAM, но с InnoDB е вярно, че статистиката може да остане остаряла. Базата данни съхранява прогнозни статистически данни за това как вашите данни се разпределят за даден индекс и е възможно те да останат неактуални, но MySQL/InnoDB има известна вградена функционалност, за да се опита да поддържа статистиката актуална. Обикновено не е нужно да се притеснявате за това.
Така че, ако използвате InnoDB, отговорът е не, обикновено не е нужно да правите нищо активно, за да поддържате показателите си добре. Не съм толкова сигурен с MyISAM, мисля, че е по-често да се налага редовно да се оптимизират тези таблици.