Тази команда почти ви дава това, което искате, и дори работи с отдалечен сървър. Единственото предупреждение е, че генерира TSV файл (полетата са разделени с табулатор).
mysql mydb -e "select * from mytable" -B > mytable.tsv
Но можете да го конвертирате в CSV с помощта на sed, както е предложено в този отговор :
mysql mydb -e "select * from mytable" -B | sed "s/'/\'/;s/\t/\",\"/g;s/^/\"/;s/$/\"/;s/\n//g" > mytable.csv