Параметърът connect_timeout е валиден само по време на свързване. Полезно е да проверите дали вашият DB сървър е достъпен за около 20 секунди. Веднъж свързан, посоченото време за изчакване вече не е валидно.
Не намирам параметър за изчакване на заявка на официалната страница с ръководство на mysql:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html така че не мисля, че това е възможно.
