След като преминах от MySQL 5.0 към 5.5, разбрах, че изведнъж трябва да активирам LOCAL INFILE специално, когато създавам връзката в PHP.
Използване на mysql:
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Използване на mysqli:
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);